Selon le musicologue équatorien Segundo Luis Moreno, l’une des différentes versions concernant l’origine de son nom est qu’il était dansé pendant la journée qui coïncidait avec la naissance de Saint Jean-Baptiste, une fête établie par les Espagnols le 24 juin, mais qui coïncidait également avec les rituels indigènes de l’Inti Raymi.

Pour les peuples indigènes, la danse du Sanjuanito a une signification d’unité, de sentiment, d’identité et de relation avec la terre mère (Pachamama). Pour les métis, le Sanjuanito est une expression de joie et d’identité nationale. De nos jours, le Sanjuanito fait partie du répertoire des festivités populaires ainsi que des rassemblements sociaux dans tout le pays.

Danser au son du sanjuanito est typique des peuples indigènes et métis d’Équateur. Pour le métis, danser le Sanjuanito est un message de joie et d’identité nationale.

Actuellement, la danse du Sanjuanito, fait partie du répertoire des fêtes populaires et des réunions sociales de tout le pays, lorsque celle-ci très éclairée, tous les présents font montre de leurs meilleurs pas ; ils dansent en formant des cercles, des trencitos (rangée de personnes), etc.